In-Silico Molecular docking Study: Potensi Senyawa Phlyantusiin C Sebagai Alternatif Pengobatan Infeksi Covid 19

Abstract

Corona virus desease (Covid 19) merupakan pandemi infeksi global dengan angka morbiditas dan mortalitas tinggi. Peningkatan sistem imun adalah pilihan terapi yang dianjurkan pada terapi pasien Covid-19. Senyawa Phylantusiin C diketahui merupakan komponen fitokimia meniran (Phlanthusiin niruri), tumbuhan obat yang dikenal luas memiliki efek imunbooster. Penelitian ini bertujuan untuk dapat menggali informasi potensi phylantusiin C dalam menunjang pengobatan Covid-19. Pengujian dilakukan secara in silico molecular docking menggunakan autodock vina. Uji in silico menggunakan komponen protein main protease /Mpro (PDB Id; 6y2e) corona virus, serta komponen pembanding obat yang digunakan pada tatalaksana terapi covid 19 yaitu ivermectin. Komponen protein dibersihkan dari senyawa native ligand dan air, sedangkan senyawa phylantusiin C dan ivermectin dioptimalisasi menjadi bentuk konformasi 3D molekul pada tingkat energy terendah. Paremeter validasi menggunakan nilai RMSD < 2 A, serta binding cavity dan grid posisi ikatan ivermectin dan phlyantusiin C. Hasil docking menunjukkan adanya kemiripan ikatan pada residu asam amino binding cavity phenylalanine (294), proline (293), isoleucine (249). Adapun hasil nilai afinitas phylantusiin C affinity: -9,1) yang lebih tinggi dari ivermectin ( affinity : -8.4). Berdasarkan hasil yang didapat, dapat disimpulkan senyawa Phylantusiin C memiliki potensi untuk digunakan dalam terapi pengobatan Covid-19